在拜仁青训营崭露头角的穆勒也很快吸引了众多德国劲旅的关注，慕尼黑1860和斯图加特都曾派出球探考察穆勒，而200809赛季的黑马球队霍芬海姆更是付诸行动，在2008年年底，刚刚夺得德甲半程冠军的霍芬海姆私下接触穆勒，打算用一份丰厚的合同将其签下，并且许诺给他比在拜仁多得多的出场机会由于当时穆勒的合同将在2009年夏。

最后一轮比赛前，斯图加特的形势最险恶，直接保级已经不可能，参加附加赛都得在自己获胜的前提下，还得指望不来梅主场输给法兰克福最终斯图加特客场1比3完败，这家曾经三次赢得德甲冠军的老牌劲旅，不得不遭遇俱乐部历史上第二次降级，上一次还是在41年前不少斯图加特球迷无法相信眼前的一切，他们哭着说。

期间也获得过冠军的其它球队包括多特蒙德2002年2011年和2012年云达不来梅2004年斯图加特2007年以及在2009年首次夺冠的沃尔夫斯堡 这一时期的德甲冠军往往要到最后一轮才决出 199900赛季中，拜耳勒沃库森只需在最后一轮战平翁特哈兴便可夺冠，但02的失利使其只能将冠军拱手相让给拜仁慕尼黑 更为。

2009年3月10日在拜仁慕尼黑主场对阵里斯本竞技的欧洲冠军联赛中，他在第72分钟替补中场球员施魏因施泰格上场，并且在补时阶段打入一球，成功地完成了其个人在欧洲赛场的首演 托马斯·穆勒擅长右脚，是德国现在新生代球员的出色代表在场上穆勒可以出任攻击型前场或者前锋，在德国国家队托马斯·穆勒的这种攻防平衡的特点是；波鸿目前联赛排名倒数第三，相比倒数第二的汉诺威仅剩净胜球优势，保级形势不容乐观，本场比赛客场对阵联赛领头羊拜仁慕尼黑，球队排出532的防守阵容，只求守出一场平局 比赛一开始，拜仁就发动猛攻仅仅1分钟，拜仁断球成功发动反击，小猪施魏因斯泰格头球攻门偏出第5分钟，奥利奇的射门被黑尔瓦根扑出紧接着罗本开出；欧冠一战成名2009年3月11日，注定是穆勒值得纪念的一天，拜仁在这一天和来访的里斯本竞技进行欧冠八分之一决赛第二回合比赛，首回合50的比分让晋级资格已经失去了悬念，但拜仁依旧在主场71横扫对手，穆勒也迎来了自己的欧冠处子秀，他在最后时刻替补登场，结果很快便打入拜仁的最后一球，为球队锁定胜局。